Le joueur doit diriger 5 personnages à travers différents niveaux, tous plus beaux les uns que les autres. Avec des graphismes féeriques, Botanicula nous plonge au cœur d’une nature vierge où seuls les petits animaux et insectes font leur loi, sans jamais aller à l’encontre de leur environnement.

Si le jeu n’a pas spécialement vocation à défendre la nature, il initie tout de même les joueurs à l’importance de maintenir un certain équilibre naturel.